益生菌是否有效，關鍵在於益生菌是否能順利到達腸道！益生菌進入人體，須經過嚴格的胃酸和膽鹽考驗，到達腸道尚需與原本的腸道菌競爭，最後定殖下來的數量才是影響功效的關鍵。
益生菌效能以CFU(Colony forming units菌落形成單位)表示。這是微生物學中用來估計能夠分裂和形成菌落的活菌數量的度量單位。其值越高表示樣品中所含的活菌越多。
經臨床試驗證明，每天補充10 ~ 100億（1 to 10 Billion ）CFU的益生菌足以維持免疫和消化健康。
另外，益生菌在定殖的數量上也有一定的上限值，不是吃越多就越好，適量才是最好！食用過量的菌數也未必能全數發揮功效。
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